FlexStab in Unix

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版主: ross_ttbryanchangdigdogchester

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liya
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FlexStab in Unix

#1 文章 liya »

小弟需要跑一個unix 的程式FlexStab,我想請問各位Unix的先進,我可以跑這個unix 的程式在OS X 的機器上嗎?如果可以,我要如何install這個程式。先謝了!!

YC Li
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oeyvind
嗜冰客
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Re: FlexStab in Unix

#2 文章 oeyvind »

liya 寫:小弟需要跑一個unix 的程式FlexStab,我想請問各位Unix的先進,我可以跑這個unix 的程式在OS X 的機器上嗎?如果可以,我要如何install這個程式。先謝了!!

YC Li
Download http://www.ls.huji.ac.il/departments/FlexStab.tar.gz should be on your desktop, and un-gzip

Open Terminal.app

% cd ~/Desktop
% gnutar xvf FS.tar
% cd FS
% ./install
% sudo cp ./FlexStab /usr/local/bin
% rehash

To run FlexStab, just do as u would do on UNIX box

% FlexStab
This program calculates Stability/Flexibility of DNA sequence
The sequence must be in GCG format or in one line
the maximal sequence length you can enter is 350000 base-pairs
#################################################

Enter the sequence file name
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謝孟叡
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Re: FlexStab in Unix

#3 文章 謝孟叡 »

liya 寫:小弟需要跑一個unix 的程式FlexStab,我想請問各位Unix的先進,我可以跑這個unix 的程式在OS X 的機器上嗎?如果可以,我要如何install這個程式。先謝了!!

YC Li
如果你要跑這個程式,你可能要先安裝 Gnuplot
然後你需要有安裝 Developer environment 以便有 c compiler 可用。

我是這麼做的

代碼: 選擇全部

$ curl -O http://www.ls.huji.ac.il/departments/FlexStab.tar.gz
$ tar zxvf FlexStab.tar.gz
$ cd FS
$ source install
然後你可以看到 FlexStab 這個程式,你可以用 ./FlexStab 來跑,而 plot_command 是個給 gnuplot 用的 script.
void
sched_init(void){
printf("standard timeslicing quantum is %d us\n", std_quantum_us);
}
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謝孟叡
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Re: FlexStab in Unix

#4 文章 謝孟叡 »

啊,Tim 比我先說了。 :oops:
void
sched_init(void){
printf("standard timeslicing quantum is %d us\n", std_quantum_us);
}
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liya
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#5 文章 liya »

原諒小弟這個Unix白痴,小弟照著思慶兄的步驟,無奈到了
$ ./install
它卻給小弟一個
-bash: ./install: Permission denied

然後小弟就不知所措了...
小弟斗膽在這兒請思慶兄或是孟叡兄給小弟一個Step by step 的instruction
感激不盡!

YC Li
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oeyvind
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#6 文章 oeyvind »

liya 寫:原諒小弟這個Unix白痴,小弟照著思慶兄的步驟,無奈到了
$ ./install
它卻給小弟一個
-bash: ./install: Permission denied

然後小弟就不知所措了...
小弟斗膽在這兒請思慶兄或是孟叡兄給小弟一個Step by step 的instruction
感激不盡!

YC Li
try this then...

$ chmod a+x install
$ ./install

then again the install is just a cc command, you can issue the same command by yourself...BTW, you need to have developer tools installed on your box in case you have not.
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謝孟叡
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#7 文章 謝孟叡 »

liya 寫:原諒小弟這個Unix白痴,小弟照著思慶兄的步驟,無奈到了
$ ./install
它卻給小弟一個
-bash: ./install: Permission denied

然後小弟就不知所措了...
小弟斗膽在這兒請思慶兄或是孟叡兄給小弟一個Step by step 的instruction
感激不盡!

YC Li
That's why I said source install

啊,好久沒有用 GCG 了。
void
sched_init(void){
printf("standard timeslicing quantum is %d us\n", std_quantum_us);
}
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liya
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#8 文章 liya »

Millions thanks to Tim and MJ Hsieh. Now the FlexStab is running in a colleague's iBook. However, interpreting data seems to be harder than installing the software.

YC Li
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