隨著新登場的 iPhone SE 與 9.7 英寸 iPad Pro ，蘋果公司也正式推出了 iOS 9.3 。在這個新版本的 iOS 中，主要提供了晚上避免顯示藍光的 Night Shift 、可用密碼鎖上的備忘錄 app ，更豐富的健康 app ，與 CarPlay 內容。

「Night Shift」功能經由 iOS 裝置內建的時鐘與地理定位功能，判斷使用者所在位置的日落時間，然後自動將螢幕以較暖的色調顯示；到了早上又恢復正常的白晝設定，避免使用者眼睛在晚上受到螢幕藍光的映射。

許多人日常使用的備忘錄 app 現在可以讓使用者以密碼或指紋將之鎖住，保護隱私。此外使用者還能按照製作日期、修改日期或者是字母順序來排序。

健康 app 現在更可尋找協力廠商 app ，幫忙追蹤使用者的健康與保健狀況，例如體重、體能訓練及睡眠等類別，都加入全新的滑動選單，並可顯示各種相關 app 方便添加至健康 app 控制台。此外 健康 app 現在還能顯示 Apple Watch 上的活動、運動和站立數據，以及所設立的目標。

iOS 9.3 也幫 CarPlay 新增實用的功能，例如 Apple Music 上的「最新精選」與「為你推薦」，分別提供了 Apple Music 編輯和選曲專家精心挑選的歌曲、音樂人及專輯，以及根據使用者偏好設定的精選項目，讓行車時的音樂享受更多元。

此外，在 iOS 9.3 beta 5 正式回到測試版本中的 Apple Pencil 操作與瀏覽的功能，也依然存在 iOS 9.3 正式版本中，代表 Apple Pencil 維持著與先前相同的功能。原本在早先幾個 iOS 9.3 測試版本中所發生疑似「蘋果要把 Apple Pencil 變成只有單純繪圖與手寫功能」所引發的風風雨雨，看來都已煙消雲散了。